박근혜 대통령이 31일 국가기관 대선개입에 대해 의혹을 정확히 밝히고 책임을 묻겠다고 밝힌 데 대해 경실련과 참여연대는 철저한 진상 조사를 위한 윤석열 여주지청장의 특별수사팀 복귀, 특검 실시 등 구체적 후속조치를 요구하고 나섰다.

경실련은 이날 논평을 통해 "정쟁중단과 민생 등을 언급하며 사태의 엄중함을 호도하고, 실질적인 조치가 없는 정치적 수사에 불과하다"며 "이미 검찰 수사를 축소·은폐하기 위해 검찰총장과 수사팀장을 ‘찍어내고’, 검찰의 독립성 문제까지 야기하는 등 국정원 사건이 곪을 대로 곪은 상황에서 나온 발언이다. 이는 사실상 국정원 사건을 법원에 맡겨두고 이쯤에서 마무리하자는 정치적 의도가 다분한 발언으로 심히 유감"이라고 비판했다.

경실련은 이어 "박 대통령이 스스로 밝혔듯이 국정원 정치·선거개입 사건에 대해 명확히 밝히고, 책임자 처벌에 대한 의지가 있다면 법원의 공소장 변경 신청이 받아들여진 만큼, 윤석열 팀장을 비롯한 특별수사팀의 감찰을 중단하고, 즉각적인 수사복귀가 가능하도록 법무부장관을 통해 지시해야 한다"며 "이와 함께 국정원 사건에 대한 독립적 수사와 공소유지를 철저히 보장해야 한다"고 밝혔다.

경실련은 또한 "지휘부의 외압 가능성과 기밀누설 우려가 지속적으로 제기되는 상황에서 수사 초기부터 줄곧 외압과 수사방해를 일삼은 황교안 법무부장관과 남재준 국정원장을 즉각 해임하여 수사의 공정성을 확보해야 한다"며 "정치적 수사로 국정원 사건을 덮으려 할수록 이후 정부에 더 큰 부담이 될 것임을 인식해야 한다"고 경고했다.

참여연대도 논평을 통해 "누구나 알듯이 청와대와 법무부, 검찰지휘부는 그동안 이심전심으로 나서서 국정원 불법행위에 대한 검찰의 선거법 적용을 비롯해 수사확대를 방해해왔다. 채동욱 검찰총장 몰아내기, 윤석렬 특별수사팀장 업무배제가 그 사례이고, 국가정보원은 트위터를 통해 더 광범위하게 선거에 개입했다는 범죄혐의에 대해 수사하는 것을 방해했다"며 "최근 불거진 국군 사이버사령부 사건의 경우에도 꼬리자르기하려는 징후가 농후하다. 국가보훈처가 특정 정당을 지지하는 내용을 안보교육이라는 이름하에 작년 대선전에 광범위하게 실시한 것과 관련해서도 그러한 내용을 담은 DVD교재를 제공한 곳이 어딘지 전혀 공개하고 있지 않다"고 질타했다.

참여연대는 이어 "이런 일에 대해서는 한마디 언급도 하지 않으면서 ‘의혹을 밝히겠다’고 하는 박 대통령을 어떻게 믿을 수 있겠나?"라고 반문한 뒤, "박근혜 대통령이 진짜 그런 마음이 있다면, 그동안 있었던 수사방해사례들과 외압의혹에 대해 사과부터 하는 것이 먼저이며, 당장 국정원에게 불법행위의 전모를 자체 조사해 국민에게 공개할 것과 수사기관들의 수사에 전면 협조하라고 지시해야 한다"고 촉구했다.

참여연대는 또한 "수사를 방해하고 협조하지 않은 남재준 국정원장의 책임도 물어야 한다. 그리고 국정원을 비롯해 국군사이버사령부, 국가보훈처 등 정부기관의 정치적 중립위반과 선거개입의혹을 성역없이 수사할 독립적인 특별검사 임명 요구부터 수용해야 한다"며 특검 도입을 주장했다.